Fin dall’inizio del secolo la chiesa parrocchiale di Magadino possedeva un organo, costruito nel 1902 da Natale Balbiani.
La fonica di questo primo organo è stata incorporata nel nuovo organo a due manuali costruito dalla Famiglia Artigiana Mascioni di Cuvio nel 1951.
L’organo a due manuali sul quale ha avuto inizio il Festival organistico di Magadino possedeva 23 registri.
Nel 1965, in seguito al consolidarsi dell’esperienza del festival organistico, l’organo venne nuovamente trasformato dalla stessa Famiglia Artigiana Mascioni in organo a tre manuali con l’inserimento di un positivo. Le canne – oltre 2300 – vengono disposte su somieri contenuti nella stessa cassa di stile neoclassico del primo organo Balbiani, sempre maggiormente ampliata in profondità. Il progetto dell’organo è steso in collaborazione tra il Mo. Viktor Togni, il Mo. Luigi Favini e don Aldo Lanini.
Il sistema è elettropneumatico. In occasione del venticinquesimo del Festival, l’organo si arricchisce di due nuovi registri al Pedale: un Ripieno e un Fagotto 8’.
L’organo attuale di 44 registri, recentemente perfezionato con un display che permette di selezionare fino a 999 livelli di aggiustabili diversi, ha la seguente composizione fonica: